Kisah anime Naruto dimulai ketika enam belas tahun yang lalu seekor rubah iblis berekor sembilan menyerang desa ninja Konohagakure. Kekuatannya memiliki kemampuan untuk meratakan gunung dan menimbulkan tsunami. Itu adalah kehancuran, kekacauan dan kematian yang digulung menjadi satu.
Konoha, yang terkuat dari lima negara shinobi, berada di ambang kehancuran. Untuk menyelamatkan desa dari kehancuran total, pemimpin desa yang dikenal sebagai Hokage Keempat memberikan hidupnya untuk menyegel rubah iblis menjadi bayi Naruto.
Sebelum meninggal, Hokage Keempat meminta agar Naruto diperlakukan sebagai pahlawan. Tapi orang-orang di Konoha curiga. Alih-alih mengabulkan keinginan terakhir Hokage Keempat, orang-orang mulai menghindari Naruto dan memperlakukannya seolah-olah dia adalah rubah iblis itu sendiri. Naruto tumbuh tanpa teman keluarga. Dia mengekspresikan dirinya dengan mengerjai orang lain sebagai cara untuk mendapatkan perhatian. Pekerjaan sekolahnya terganggu dan sebagai hasilnya ia gagal tiga kali dalam ujian ninja.
Seorang guru di akademi ninja, Mizuki memberi tahu Naruto bahwa ada cara lain untuk lulus ujian. Yaitu mencuri gulungan dari Hokage Ketiga. Yang harus Naruto lakukan hanyalah menguasai teknik dari gulungan itu dan dia akan lulus ujian. Tanpa diketahui Naruto, Mizuki menipunya. Dia hanya menginginkan gulungan itu untuk dirinya sendiri karena gulungan ini berisi teknik tersembunyi dan terlarang yang penting bagi Konoha.
Tapi Iruka mengetahui rencana Mizuki dan mencegat Naruto dan Mizuki. Selama konfrontasi, Naruto mengetahui bahwa dia adalah wadah dari Rubah Setan Berekor Sembilan, dan akhirnya tahu mengapa penduduk desa membencinya. Mizuki mendesak Naruto untuk melepaskan kekuatan rubah iblis dan membunuh Iruka. Tapi Iruka turun tangan dan memberi tahu Naruto bahwa dia bukan monster. Marah, Mizuki menyerang Iruka tapi sebelum dia bisa menyerang, Naruto melepaskan teknik yang dia pelajari dari gulungan terlarang. Dia menciptakan ratusan klon dan menyerang Mizuki. Terkejut bahwa orang iseng dan gagal bisa menguasai teknik tingkat tinggi dalam waktu singkat, Mizuki tertegun dan akhirnya dikalahkan oleh Naruto.
Iruka mengizinkan Naruto untuk lulus dan memberinya pelindung dahi sebagai hadiah. Iruka berteman dengan Naruto dan akhirnya Naruto mendapatkan pengakuan yang sangat dia inginkan.
Sebagai lulusan akademi ninja, Naruto bekerja sama dengan Sakura dan Sasuke. Mereka menyelesaikan misi dan tugas di bawah pengawasan guru Jounin (ninja tinggi), Kakashi. Sepanjang jalan, mereka bertemu orang lain dan belajar lebih banyak tentang menjadi seorang ninja.
Seiring berjalannya seri, Naruto harus belajar tentang kehilangan teman, guru, dan bekerja keras untuk mendapatkan tujuan utamanya: menjadi Hokage.
Naruto adalah serial manga yang sedang berlangsung yang dibuat oleh Misashi Kishimoto. Ini pertama kali diterbitkan di Shounen Jump Jepang pada tahun 1998. Sampai hari ini, Naruto adalah salah satu serial manga dan anime yang paling banyak dibaca dan ditonton tidak hanya di Jepang tetapi di seluruh dunia. Ini peringkat ke-4 dalam pencarian Google pada tahun 2007 dan ke-7 pada tahun 2008.